古事記では神皇産霊神(かみむすびのかみ)の子とされ、日本書紀では高皇産霊神(たかみむすびのかみ)の子とされる。体が小さくて敏捷、忍耐力に富み、大国主と協力して国土の経営にあたり、医薬・禁厭などの法を創めたという。日本神話では、素戔鳴尊の直系の血を引く国津神の王・大国主が出雲国の美保岬にいた時、海の向こうから小さな船が彼に近づいてきた。そこには蛾の皮を着た極めて小さな神が乗っていたという。それがスクナビコナである。そしてそれを機にスクナビコナは大国主と兄弟の契りを結び、国津神の仲間となり、彼らの国を助けたという。しかし国造りが終わらぬ半ばでスクナビコナは粟の茎にはじかれ、海の彼方にあるとされる常世の国に去って行ったという。その後を引き継いだのが大物主とされる。一説にはスクナビコナは知恵の神であり、一説にはスクナビコナは中国古代の強力な方士(幻術士)だったともいわれ、特に医療、医薬の知識は非常に優れたものだったという。神功皇后も歌で讃えたように、醸造の神としても知られる。 別名を生根神(生根神社参照)とする説もあり、活津彦根命と関係がある様である。淡島神や玉津島明神と同一とする説もあり、男性でなく、女性であるとする説もあり、謎が多い。
【祀られている神社】(以下は祭神名として記載のある神社です。総称がある場合はそちらも参考にしてください)
小祝神社
総社神社
朋友神社(日光二荒山神社末社)