ウガヤフキアエズと、海神の娘であるタマヨリビメの長男として生まれた。弟に稲飯命・御毛沼命・若御毛沼命(磐余彦尊)がいる。磐余彦尊が後に初代天皇である神武天皇となる。弟たちとともに東征に従軍したが、浪速国の白肩津(あるいは孔舎衛坂)での長髄彦との交戦中に長髄彦の矢に射られた。五瀬命の「我々は日の神の御子だから、日に向かって(東に向かって)戦うのは良くない。廻り込んで日を背にして(西に向かって)戦おう」という助言によって一行は南へ廻り込んだが、紀国の男之水門に着いた所で、射られたときの傷が悪化した。五瀬命は「賊に傷つけられて死ぬとは」と雄叫びしたので、その地を男之水門(雄水門)という。古事記によれば紀国男之水門で、日本書紀によれば紀国竈山で亡くなり、竈山に陵が築かれた。
【祀られている神社】(以下は祭神名として記載のある神社です。総称がある場合はそちらも参考にしてください)
三之宮神社